2台目以降のパソコンでは、［Foxmarks セットアップウィザード］で初めて同期するときの方法を3種類から選択します。すでにサーバーにあるブックマークと現在のパソコンにあるブックマークを統合したい場合は、［サーバ上のブックマークをコンピュータ内のブックマークに連動してください］を選びましょう。Firefoxをインストールした直後など、現在のパソコンにあるブックマークを破棄して、いつも利用しているブックマークに入れ替えたい場合は、［サーバ上のブックマークを保持してください］を選択します。一方、現在のパソコンでブックマークを新たに編集し直し、ほかのパソコンのブックマークも新しくしたい場合は、［コンピュータ内のブックマークを保持してください］を選択し、その後ほかのパソコンで手動同期を行って新しいブックマークに統一します。

ステータスバーにあるFoxmarksのアイコンを右クリックし、［今すぐ同期する］をクリックすると、ブックマークの同期が行われます。また、設定画面の［詳細］をクリックすると、サーバー上のブックマークをパソコン上のブックマークで上書きする［アップロード］、その逆の［ダウンロード］が利用できます。

Foxmarksのサーバーに保存されている内容を確認するには、Foxmarksのアイコンを右クリックし、［My Foxmarks］をクリックします。ログインするとブックマークの内容が表示されます。